両親の了解なしに、幼児の入会手続きがなされた。祖父母の了解で入会させられるのか

そんなことは、通常、ありませんねぇ。
未成年者の入会は、必ず、両親の許可がなければ、
入会することはできませんよー。
祖父母の了解では、入会できませんよー。

もしそれが事実なら、脱会届などを出す必要はありません。
あなたが、地元の創価学会の責任者のところへ行き、
「入会の許可をしていません。取り消ください」
と言えばいいだけの話ですよ。