日蓮大聖人は、明確に本門の戒壇について「富士山本門寺戒壇」と書かれている。日蓮正宗大石寺がそれに当たるのは、当然だろう

それは、質問者さんの我田引水による誤ですねー。
本門寺という言葉の使い方は、固有名詞としてではありません。
例えば、 百六箇抄には次のようにあります。

「三箇の秘法建立の勝地は富士山本門寺本堂なり」

言うまでもなく、これが書かれた時に本門寺は存在しません。
本門寺という意味は、「本門と言う意義を持った寺」ということですねー。
これは、仏教系の辞書を引いても同じことが書いてありますよ。
だから、○○本門寺という名前のついた寺はいくらでもありますからねぇ。

また、「富士山本門寺戒壇」の解釈としては、
目的語として、名詞を広い範囲から小さい物へと並列している文ですねェ。
これを、「富士山【の】本門寺【に】戒壇【を】建立せらるべきなり」
と読む方が不自然ですよ。
三つは同列として並べられているわけですから。

まあ、創価学会としては、そんなことより、
「国主被立此法者」の解釈の方が重要なわけです。
これを、「信教の自由の侵害だ・政教一致だ」
と言っているようでは、お話にならないわけですねー。